1933年,童第周获得博士学位,达克教授让其再等一年,写一篇论文,可再得一个特别博士学位。但此时的童第周急于回国效力,回答说:“特别博士不要了,我想回国。”对方未再挽留,童于1934年回到国内,与夫人叶毓芬一起共赴青岛山东大学任教。1937年卢沟桥事变爆发,山东大学迁往武汶,后转到沙市,再流亡到四川万县,因经费不支,国民政府又采取弃之不顾的态度,学校被迫宣布解散,童第周与夫人随之成了无家可归的街头流浪者。经多方奔波努力,夫妇二人先是在重庆国立编译馆谋得编译员的职务,再是到中央大学医学院任教,最后又辗转来到李庄同济大学理学院生物系任教授。
转转的经过,爱国的情怀,使他战胜了一个又一个困难。