《石榴树上结樱桃》的故事，发生在二十一世纪初的乡土中国。

在中原大地上的一个名叫官庄的村子里，村委主任换届选举即将举行，现村委主任孔繁花谋求连任。孔繁花是溴水县惟一的女村委主任，远近闻名。在任期间，孔繁花为村里的百姓干了很多实事，修路，发展养殖业，提高村小学的教育水平。村人生活稳定，秩序良好。

孔繁花的竞选对手，村委委员孟庆书、孔祥生等人，结成战略同盟，要在此次选举中，与孔繁花一争高低。就在竞选工作进入实质性阶段的时候，村里一位名叫姚雪娥的妇女，出现了计划外怀孕。孔繁花试图说服姚雪娥去医院堕胎，但姚雪娥却突然失踪。由于计划生育工作的重要性，所以能否找到姚雪娥并且使她堕胎，就成了此次竞选的决定性因素。孔繁花既要忙于竞选，又要忙于寻找姚雪娥。

小说以此为基本线索，真实地写出了乡土中国的风俗民情，写出了乡土中国在全球化时代所面临的复杂局面，写出了乡土中国在现代性的进程中的诸多困难以及困难中的希望。