在唐宋时，六部中每部的第一个司称本司，如户部有户部司，吏部有吏部司，其余礼、兵、刑、工各部均然。而尚书省则有尚书令，为正长官。左右仆射为副长官。现在明代则等于升本司为部长，六部就只是六个尚书，变成一个多头的衙门。六部首长，各不相属。这些尚书都是二品大员，这已经是当时最高的官阶了。

此外有一个都察院，是由御史台变来的，专掌弹劾纠察。全国各事都在都察院监督之下。把都察院和六部合起来，并称七卿。