各部侍郎和都察院的左右副都御史位居正二品的高位，但由于尚书满汉各一人，左右侍郎满汉各一人，一共六个堂官，皆可对皇帝密折言事，相互掣肘，谁也无法独大。

再加上皇帝经常越过六部直接跟地方对话，六部堂官很大程度上成了有名无实的摆设。

堂官都酱油了，底下办事的也只有无所事事。

各部下设数目不等的司，司长郎中（正五品），副司长员外郎（从五品），司员主事（正六品）。

除此之外，中央直属机关还有：

理藩院（管理蒙古和西藏等少数民族事务，汉人不得入院任职），长官为从一品尚书；

内务府（皇家办公厅），长官为正二品内务府总管；