翰林院（最高学术机关），长官为从二品掌院学士；

下设侍读学士、侍讲学士（从四品），侍读、侍讲（从五品），修撰（从六品，考中状元立授此职），编修（正七品，考中榜眼、探花立授此职），检讨（从七品，由进士的二甲三甲中择优录取庶吉士，留馆学习一段时间考核通过者授予此职，余者派往各部任主事）；

大理寺（最高法院），长官为正三品大理寺卿；

通政司（上传下达，收受各省奏疏），长官为正三品通政使；

宗人府（管理皇族事务），长官为正三品宗人府丞；

国子监（中央大学），长官为从四品祭酒；