清朝军事系统分为八旗军和绿营（汉军），领侍卫府相当于八旗军的最高指挥机关，步军统领衙门则是绿营的最高指挥机关。

八旗军又分为在京的和外地驻防的，在京的有骁骑营、前锋营、护军营、步兵营、健锐营、火器营、神机营、虎枪营、善扑营九支部队，各营长官为正二品的“统领”，副官为正三品的“翼长”。

八旗驻防军的长官为从一品的“将军”（仅授满人，与爵位中的“将军”概念不同），相当于管辖数省八旗军的大军区司令。虽貌似与总督平级，实权却远不如后者。一些边省份不设总督，而以将军兼管民政。