巴学园在1945年的东京大空袭中被烧毁。这所学校全部是由小林先生的个人财产创办的，所以，重建学校需要花费相当长的时间。战后，小林先生先在巴学园的废墟上创办了幼儿园，同时，先生又协助国立音乐大学创建保育系(即现在的幼儿教育系)，并且在国立音乐大学讲授韵律学。这里的小学创建的时候，先生也尽力协助。但是，先生却在自己的梦想——重新创办理想的、自己的小学——实现之前，于六十九岁那年与世长辞。