942年1月2日，日军占领未设防的马尼拉，并以一部兵力占领甲米地和八打雁，战役主要目的达到。日军认为菲律宾作战大局已定，将海军主力和第48师团调往印度尼西亚，将第5飞行集团主力调往缅甸，仅以第14军的剩余兵力清剿吕宋岛。1月9日，日军开始进攻巴丹半岛，遭遇美菲联军顽强抵抗。美菲联军与日军展开激烈的山地战、丛林战和阵地战。在交战中，木村支队被围，前来救援的日军被歼一个大队。至月底，日军因伤亡严重丧失攻击力，被迫转入防御，战局一度陷入胶着状态。此时，首相东条英机、参谋总长杉山元已对本间雅晴的指挥能力产生怀疑，甚至要撤他的职，只是因为天皇认为临阵换将不妥才未执行。