抗战胜利后，西南联大常委梅贻琦、傅斯年，频繁往来于重庆、南京、北平之间办理学校复员事宜，叶企孙被国民政府教育部指定代理清华大学校长、联大常委并主持联大校务，成为事实上的西南联大第一把手。期间，国民政府为实施“种子计划”，在吴大猷推荐下，叶企孙力挺年少聪敏的物理学天才李政道公费出国学习并取得留美成功。许多年后，李政道颇为感激地说道：“叶师不仅是我的启蒙老师，而且是影响我一生科学成就的恩师。”