最初皇帝为要保持军事机密，有许多事不经内阁，径由南书房军机处发出。后来变成习惯，政府实际重要政令，都在军机处，不再在内阁。顾名思义，内阁还像是文治，而军机处则明明是一种军事统治的名称。既然最高法令均属于军机，当然只能说它是军事统治了。不过军机处的军机大臣，也是由内阁大臣里挑选出来的，在内阁大臣里挑几个出来到南书房协同皇帝办事，如是，皇帝可以不再到文华殿武英殿商量政事，而只在军机处秘议。所以实际上清代的军机处，也就等于如明朝般，皇帝不出宫来办事，只在里面找几个私人商量。不过清代皇帝比较地聪明，他们鉴于明代太监当权而招亡国之祸的覆辙，所以不在里面找太监，而向外面调大臣。