这以后情况发生了变化，张居正名为首辅或称元辅，其他大学士的任命则出于他的推荐，皇帝在圣旨中也明确规定他们的职责是辅助元辅办事。大学士之中有了主次之分，造成了今后朝臣之间的更加复杂的纠纷局面。