疫苗假说在科学界风光不再，主要有以下四个原因：一是科学家们对最初的疫苗储备进行了回顾性分析，没有迹象表明原有疫苗储备被孕育出人类人类免疫缺陷病毒的黑猩猩病毒所感染；二是基因分析显示，艾滋病毒大约在100年前就出现了，远远早于人类服用脊髓灰质炎疫苗的时间；三是据称疫苗储备受到污染地区的黑猩猩病毒株与孕育人类免疫缺陷病毒的黑猩猩病毒有所区别；四是就已经进入人类的多种人类免疫缺陷病毒家族的灵长类动物病毒分布情况来看，一个更简洁的解释是，人类是因为捕杀野生灵长类动物而广泛接触到这些病毒的。