张居正出于孝思，继续提出第二次和第三次申请，但都没有被批准。最后一次的批示上，皇帝还说明慰留张先生是出于太后的懿旨。这些文书从文渊阁到宫内来回传递，距离不过1000米内外，但是有意思的是不论是奏章或者朱批还都要送到午门的六种廊房发抄，使大小官员得以阅读原文，了解事情的全部真相。