他跟教皇达成协定（教廷和政府间的协定有个特殊名称，叫做Concordat），承认天主教是法国多数人民但并非“所有”人民的宗教；教皇要求撤销宗教自由，拿破仑也不同意，指新教徒和其他宗教的信徒有权奉行自己的信仰而不受干扰。至于主教的任命，这份协定让它回复旧规：主教由国家提名，但由教皇为他们披上圣袍。