只是攻击者没有预料的，乃是这一场大风浪，使万历皇帝作了长时间上的考虑。他把种种迹象联系起来，逐渐明白了这些检举参劾的真实用意。何以这群“保皇党”当初在高启愚出题劝进的时候一言不发，今日张居正已经倒台则又振振有辞？可见他们也另有其“阴”。他们好几个组织者都是三辅王锡爵主持会试的门生，如果搞垮申时行和许国，即可以拥护王锡爵担任首辅。事不凑巧，王锡爵表示了充分的明智和冷静，他不接受这样的拥戴，反而向万历皇帝上书称赞首辅申时行“泊然处中，重国体，惜人才”。

除非把全部文官罢免，而代之以不同的组织和不同的原则，身为首辅的人只能和文官合作，按照他们的共同意志办事。申时行没有忽略文官的双重性格：即虽称公仆，实系主人；有阳刚有阴。他必须恰如其分地处理此中矛盾。时势要求申时行充当和事佬，他就担任这样角色，至于别人的评论如“首尾两端”之类，就只能付诸一笑。

他自己的奢华和别人的节俭不过是因地位不同因而各有本分。但是在他的政敌的心目中，这就是言行不一的一大证据；即在一般人看来，这至少也是道德上的疵瑕。这些地方也使万历丧失对元辅老师的一番尊敬，因为事实具在，不像“谋逆篡位”一套罪状，虽然严重，却令人难于置信。

张居正的全套措施，彻底暴露了这一大帝国中央集权过度的不良后果。在下层行政单位间许多实际问题尚未解决以前，行政效率的增进，必然是缓慢的、有限度的。强求效率增高，超过这种限度，只会造成行政系统的内部不安，整个文官集团会因压力过高而分裂；而纠纷一起，实际问题又会升级成为道德问题。

这种做法，实际上是以他自己作中心，另外形成一个特殊的行政机构，以补助正常行政机构之不及。这在旁人看来，就是上下其手；以气节自负的人，自更不愿向他低头，以免于趋附权势的讥讪。

他们经常批评万历皇帝，其用心也未必真是“沽名卖直”，而是他们深知自我牺牲，必须得到皇帝的肯定和合作，才能使亿万百姓沾惠受益。他们之所以攻击张居正，也正因为在他们心目中，张居正的措施放弃了古圣先贤的宗旨，而是急功好利，企图以世俗的行政效率来代替这种伟大的精神，最终必然窒碍难行，落一个引用私人的下场

申时行对这一悲剧的内容十分了然，张居正的根本错误在自信过度，不能谦虚谨慎，不肯对事实作必要的让步。申时行生平不愿宣扬别人的缺点，对于提拔自己的人，更不会妄加批判。他只是从这悲剧的内幕中得到了教益。

即算本朝推行伦理道德以作为治国的标准，收效不如理想，可是也别无更好的办法。假如没有这些观念和原则，我们政府靠什么而存在？如果放弃“四书”上说的正心诚意，仁民爱物，嫂溺则手援，如何能使2000名京官对事情有一致的看法？又如何能使18000名地方官和衷共济，或者无端受罚而仍然歌颂“皇恩浩荡”？我们还有什么更好的标准去教育全国约100万的读书人，还有什么更好的标准去表彰他们的祖先、寡母、贤妻？个人的私心会随时随地变迁，只有伦理道德永恒不变。古代的圣贤写作“四书”的时候如此，朱熹注解“四书”的时候如此，今日仍然如此。正因为如此，它才可以在经筵上被讲解者发挥，也可以在墓志上被镌刻，以为后人的典范。

这种[...]

因之我们的政事，注重体制的安定，而不计较对一人一事的绝对公允。

至于官员本身，向这种社会风气投降的程度则各有不同。大多数人觉得在似合法又似非法之间取得一部分额外收入，补助官俸的不足，以保持他们士大夫阶级的生活水准，与情操无损。另有相当数量的官员，则声名狼藉，其搜刮自肥的劣迹令人愤慨。再有一部分极端人物，则属清高自负，一介不苟取于人，这绝对的道德观念，可以由古怪的南京都御史海瑞作为代表。这三者的差别，也就是文官之间不能和谐的一大原因。

因之我们的政事，注重体制的安定，而不计较对一人一事的绝对公允。牺牲少数人，正是维持大局的办法。人事考察条例，也就从这里着眼。按照规定，四品以下的地方官三年任满应当入京朝觐述职，由皇帝及有关部门核定他们政绩的优劣。但是全国有1100多个县，任何精明强干的人事官员也无法详细知道他们的具体成绩，而只能在大节目上斟酌一二。如果一个地方官所统辖的地区安静无事，税收没有多大亏欠，该地区的民风就是“淳厚”而并非“刁顽”，这一位地方官必为好官而非“浮躁”或“才力不及”。京官六年一考核，名为“京察”，考察也很难根据实际能力和成绩，而大抵是视其人事应付能否得宜而有其上下高低。京官对这种考核总是战战兢兢，因为一旦[...]

这些为数两千的京官，是否都能具备上述的品德，因而形成一个巩固的集团呢？如果事情真是这样，则他们身为文官中的优秀分子，自应感化其他文官，而后者也就应该具有移风易俗的能力，使全国1100多个县的民风杜绝刁顽而日臻淳厚；本朝刑法中所有骇人听闻的处罚如凌迟处死，也应当早已废止了。如果事情真是这样，这么多身穿獬豸服饰的文官监视其他百官也就毫无必要，皇帝也无须乎赫然震怒，廷杖百官了。可见理想与事实，常常不能相符。否则申时行在执行职务时一定会大感轻松，而以下所叙的

要影响全体文官，申时行必须首先提供自己的诚意。他宁可被目为大和事佬，甚至被批评为牺牲原则的政客，但他坚持他调济折衷的原则。他确实看透了国家为解决问题而设立文官，但国家的最大问题也就是文官。而奇怪的是，以张居正的精明练达，竟忽视了这样基本而简单的事实。

在本朝历史上除草创时期的洪武永乐两朝外，文官凌驾于武官之上，已成为绝对趋势。多数的武官不通文墨，缺乏政治意识，他们属于纯技术人员。即使是高级武官，在决定政策时，也缺乏表示意见的能力，偶或有所陈献，也绝不会受到文官的重视。

在申时行充当首辅的年代，全国文官的总数约为20000人，其中京官约占1／10。当他们朝会集合时，就出现一片令人眼目昏眩的现象。[...]

在首辅申时行看来，纵使国步艰难，政府的办事能否收效，仍可以常识判断。如果各部院寺的文官几个月都见不到皇帝一面，他们就很难维持信心，认为皇帝陛下对各种事情仍能充分掌握。此念一开，他们即会怀疑他对是非善恶可能已经置之度外。信念既失，疑窦即生，他们就很难再尽忠竭力。这也就是“四书”劈头所述的“诚意”至此已经不能维持。这种情况，就是所谓“上下否鬲，中外睽携”，如果继续下去，铤而走险的农民决不会止于三千，白莲教徒也一定会越来越多了。

所以说来说去，施政的要诀，仍不外以抽象的方针为主，以道德为一切事业的根基。朝廷最大的任务是促进文官之间的互相信赖与和谐。此亦即鼓舞士气，发挥精神上的力量。