在六月十五，他沿运河继续自靖江北归常州家园。他万劫归来的消息引起了轰动，沿路在运河两岸，老百姓表示发乎真诚的欢迎。

第二天，客人去看他，发现他侧身面壁而卧，哽咽抽搐，竟至不能起床接待他们。

他堂妹的坟墓就在靖江，她儿子柳阂现在城内。六月十二日，甚至他身体疲弱之下，他仍然和三个儿子、一侄子，去到堂妹及其丈夫墓前祭祖。他第二次为亡者写祭文

六月十一日，他向米芾告别，十二日过江往靖江去。在这个地区，他特别受人欢迎。到此等于还乡。诗人已自海外归来，即将到达的消息，立刻传开。百姓有数千之众，立在江边，打算一看这位名人的丰采。一般都传说他要做中枢要员，执掌朝政。

东坡一直把米芾当晚辈看，米芾则对他十分仰望。

在六月初三，他得了大概是阿米巴性的痢疾。他以为自己喝冷水过多（啖冷过度），也可能是一直喝江水的缘故。第二天早晨，觉得特别软弱无力，乃停止进食。

但是，那年正月，皇太后不幸逝世，现在正是五月。一切情形显示政策又要全复旧观。

五月一日，他到了金陵，他已经写信给至交钱世雄，求他在常州城内为他找房子住。但是那半年内他所写的那些信，显得他颇为踌躇不定。

由现在起，苏东坡又要飘泊无定了。他渡海到了雷州以后，刚到了一个月，他接到命令要他去住在永州（今湖南零陵）。为了到永州，徒然改变路线，还在到永州的半途中，他终于接到可以随意到处居住的命令。

在五月，那个时代的闲云野鹤式的人物吴复古，又出现了，把苏东坡遇赦的喜信告诉他，并告诉他要调到雷州半岛西边的一县去。

除去忙这些事之外，他还在儿子帮助下，整理杂记文稿，成了《东坡志林》。过去他和弟弟子由分别为五经作注。他担任两部。在黄州谪居时，他已经注完《易经》和《论语》。现在在海南，他注完了《尚书》。最为了不起的是他的和陶诗一百二十四首。

现在苏东坡空闲无事，却养成到乡野采药的习惯，并考订药的种类。他考订出来一种药草，在古医书上是用别的名字提到过，别人从未找到，而他发现了，自然十分得意。在他写的各医学笔记中，有一种药可以一提，那就是用荨麻治风湿的办法，荨麻含有荨麻素和黄体素，像毒藤一样，皮肤碰到就肿疼。他说把荨麻敷在风湿初起的关节上，浑身其他关节的疼痛都可以停止。他还深信苍耳的功用。苍耳极为普通，各处都长，毫无害处，吃多久都可以，怎么吃法亦无不可。

在哲宗元符元年（一○九八）冬天，他给朋友写信说他和儿子“相对如两苦行僧尔”。那年冬天，一点食物接济也没有，父子二人直有饥饿之虞。他又采用煮青菜的老办法，开始煮苍耳为食。

三月，神奇道士吴复古，又在海南岛出现，和苏东坡住了几个月。

据苏东坡说，在岛上可以说要什么没有什么。他说：“此间食无肉，病无药，居无室，出无友，冬无炭，夏无寒泉，然亦未易悉数，大率皆无尔。惟有一幸，无甚瘴也。”