在全民思想的控制上，他接受大儒董仲舒的建议，提出“罢黜百家，独尊儒术”，让儒学成为唯一的正统思想，延续了七百年的百花齐放的景象到此戛然而止。中央集权必“统一”国民思想，不过手段各有巧妙，史学家顾颉刚曾比较秦始皇与汉武帝的不同办法：“秦始皇的统一思想是不要人民读书，他的手段是刑罚的制裁；汉武帝的统一思想是要人民只读一种书，他的手段是利禄的引诱。结果，始皇失败了，武帝成功了。”