就在这历史转折的重大关头，崇祯皇帝淋漓尽致地表现了自己政治才能与个人品性上的双重重大缺陷：他坚决不肯承认自己曾经密令和谈，下严旨痛斥陈新甲，命令他悔过自新。陈新甲则认为自己一切按照皇帝的指示行事，何过之有？不但无罪，反而有功。于是，他以与皇帝同样坚决的态度，拒绝承认错误。急怒攻心的朱由检下令将陈新甲抓进监狱。最后，倒霉透了的陈新甲，竟然被皇帝以私自议和的罪名，下令处死。