王敦叛亂兩次舉兵，牽動的矛盾并不全同。王敦一叛，以“清君側”即反對劉隗、刁協爲名，得到士族的普遍支持，這說明士族在東晉的特殊地位和特殊權益，是不容皇權侵犯的。王敦再叛，欲取代司馬氏而獨吞江左，以士族共同反對而告失敗，這說明司馬氏皇權也不容任何一姓士族擅自廢棄。