同年，孙中山发动的“二次革命”失败，再次流亡日本，组成中华革命党。刘文典复去日本，结识孙中山，并在孙的亲自主持下宣誓加入中华革命党，一度担任孙中山的秘书，积极主张以刺杀、车撞或引爆自制炸弹等恐怖活动，来打击、推翻袁世凯集团的统治。
老袁一命呜呼后，国内革命形势发生了变化。1916年刘文典回国，对军阀混战，商业凋零的残酷现实大为失望，在彷徨中决意以学问报国，不再过问政事。1917年受陈独秀之聘出任北京大学文科教授，并担任《新青年》英文编辑和翻译，积极鼓吹另类文化在中国的传播，同时选定古籍校勘学为终身所系，主攻秦汉诸子，并以《淮南子》为突破口加以研究。经过数载苦钻精研，终以皇皇大著《淮南子鸿烈集解[...]
