这时张居正显示了他的宽容。他恳请对犯官免加体罚，改为流放到边远省份，受当地官吏的监视。这种雅量使万历极为感动，无端遭受别人的攻击，还要代这个人说情，可见他确实是不计个人恩怨，有古大臣之风。

这以后情况发生了变化，张居正名为首辅或称元辅，其他大学士的任命则出于他的推荐，皇帝在圣旨中也明确规定他们的职责是辅助元辅办事。大学士之中有了主次之分，造成了今后朝臣之间的更加复杂的纠纷局面。

在万历的祖父嘉靖皇帝以前，内阁大学士为3至6人，皇帝可能对其中的一人咨询较为频繁，但从名义上说，他和另外的几位大学士仍然处于平等的地位。

张居正在人事任免中起着实际上的决定作用，这就理所当然地招致了不满。

重要官员的任命，即人事大权，也是决不容许由旁人代理的。作出这一类决定，总是先由张居正和吏部提出几个人的候选名单，而由皇帝圈定其中之一。

有一次曾准备用自己的私蓄修筑涿州娘娘庙，后来听从了张居正的劝告，把这笔钱改用于修筑北京城外的桥梁。万历皇帝出疹子痊愈以后，太后本来打算在宫内设坛拜谢菩萨的保祐，也由于张居正的反对而作罢。

万历曾想为他母亲修理装潢宫室以表示孝思，张居正却认为各官院已经十分富丽完美，毋须再加修饰。

张居正谢恩领受，但在第二天他就启奏皇帝：陛下的书法已经取得很大的成就，现在已经不宜在这上面花费过多的精力，因为书法总是末节小技。

小皇帝对这种嘱咐丝毫不敢忽视，因为第二天必须背诵今天为他所讲授的经书和历史。如果准备充分，背书如银瓶泻水，张先生就会颂扬天子的圣明；但如果背得结结巴巴或者读出别字，张先生也立即会拿出严师的身分加以质问，使他无地自容。

张居正似乎永远是智慧的象征。他眉目轩朗，长须，而且注意修饰，袍服每天都像崭新的一样折痕分明。他的心智也完全和仪表相一致。

他不开口则已，一开口就能揭出事情的要害，言辞简短准确，使人无可置疑，颇合于中国古语所谓“夫人不言，言必有中”。

首先是早朝的地点很少再在正殿，而且在一般情况下早朝人员都不经午门而集结于宣治门，所有骏马驯象的仪仗也全部减免不用。其次，御前陈奏也已流于形式，因为所有陈奏的内容都已经用书面形式上达，只有必须让全体官员所知悉的事才在早朝时重新朗诵一过。

1572年，万历皇帝即位，关于早朝这一仪式有了折中的变通办法。根据大学士张居正的安排，一旬之中，逢三、六、九日早朝，其他日子则不朝，以便年轻的皇帝可以有更多的时间攻读圣贤经传。这一规定执行以来已近15年，越到后来，圣旨免朝的日子也越来越多。

在同样庄严的仪式下，万历皇帝授予他的兄弟叔侄辈中的一些人以“王”的称号，封他们的妻子为“王妃”，批准他们子女的婚姻。

每年阴历的十一月，皇帝要接受下一年的日历，并正式颁行于全国。它的颁行，使所有臣民得到了天文和节令的根据，知道何时可以播种谷物，何日宜于探访亲友。